中国东方航空云南有限公司（China Eastern Yunnan Airlines，以下简称“东航云南公司”）其前身为成立于1992年7月的中国云南航空公司。2002年，按照国家航空企业改革重组战略的要求，原云南航空公司与中国东方航空联合重组，成为其下属的航空运输企业。2005年6月，实施主辅业剥离，主业资产全部注入东航股份公司，同时更名为中国东方航空云南有限公司（为东航旗下的子公司）。

2010年7月28日，中国东方航空集团公司与云南省政府在云南昆明举行揭牌仪式，正式宣布由东航集团所属东航股份有限公司与云南省国资委共同投资以东航云南有限公司为主体组建的合资公司——东方航空云南有限公司进入实质性筹建阶段，自此政企合作掀开新的一页。